Ngày 16 tháng 4 năm 2001, trong trận chung kết tại sân Goodison Park. Liverpool được hưởng 1 quả đá phạt từ cự li 40 mét ở phút thứ 94, McAllister được giao nhiệm đá phạt. Anh đã tung cú sút mạnh và chính xác làm tung lưới Everton. Ba ngày sau McAllister một lần nữa trở thành người hùng của sân Anfield khi anh sút thành công quả phạt đề đảm bảo giúp Liverpool giành chiến thắng trước Barcelona tại Anfield để bước vào trận chung kết UEFA Cup.

Tuần tiếp theo đó, chung kết FA Cup McAllister vào sân từ băng ghế dự bị và chính anh đã kiến tạo cơ hội cho Michael Owen giúp Liverpool lội ngược dòng thành công trước Arsenal dành chiếc cúp thứ hai của mùa bóng. Tiếp đến Liverpool đánh bại Alaves 5-4 để dành cúp UEFA tại Dortmund. Anh ghi bàn từ 1 quả penalty và kiến tạo 3 tình huống ghi bàn khác, bao gồm pha sút phạt dẫn đến bàn thắng vàng. Anh bắt đầu mùa giải 2001-2002 với một danh hiệu nữa. Liverpool dành Charity Shield với cú sút phạt đền thành công của anh trong chiến thắng 2-1 trước Manchester United. Anh tham dự trận tranh siêu cúp thắng Bayern Munich 3-2 ở Monaco.